UNESCO har utpekt en rekke nettsteder knyttet til den rutete historien til kristne i Japan fra 16- til 19-tallet som landets 18. verdenskulturarv. "Nettstedet" består av 10 landsbyer i nordvest Kyushu, samt ruinene av Hara Castle - opprinnelig bygget av portugiserne - og St. Mary's Cathedral of the Immaculate Conception i byen Nagasaki.
Fordi kristendomsutøvelsen var forbudt i Japan frem til 1873, tilbad kristne (kjent som Kakure Kirishitan) - og misjonærer spredte evangeliet - i hemmelighet. Det er stedets "hemmelige" kirker i avsidesliggende "kristne" landsbyer og isolerte øyer som er hovedkomponenten i UNESCOs anerkjennelse. Ruinene til Hara Castle er et annet element, da det ble brukt av portugisiske og nederlandske misjonærer.
Et av de mest synlige eksemplene på UNESCOs betegnelse er Nagasakis romersk-katolske St. Mary's Cathedral - også kjent som Cathedral of the Immaculate Conception - bygget i 1914 etter at forbudet mot kristendommen ble opphevet. Den opprinnelige katedralen ble ødelagt av atombomben som falt på Nagasaki i august 1945, og en kopi av originalen ble innviet i 1959. Statuer og gjenstander som ble skadet under bombingen, inkludert en fransk Angelus-klokke, vises nå på eiendommen (og kl. katedralen for den ulastelige unnfangelsen). Den nærliggende fredsparken inneholder rester av murene til den opprinnelige katedralen. Oura Church er en annen katolsk kirke i Nagasaki. Bygget mot slutten av Edo-perioden i 1864 av en fransk misjonær for det voksende samfunnet av utenlandske kjøpmenn i byen, regnes den som den eldste stående kristne kirken i Japan og en av landets største nasjonale skatter.
Historisk sett var Nagasaki lenge den første inngangsporten for utlendinger til Japan. Det var i Nagasaki i 1859, etter at USAs Commodore Perry brukte kanonbåtdiplomati for å kreve en slutt på Japans mer enn 200 år gamle isolasjonspolitikk, at diplomater fra land rundt om i verden kom til å kreve at havnen ble åpnet for handel. Deretter erklærte keiser Meiji Nagasaki som en frihavn i 1859. Og det var Nagasaki som var rammen for John Luther Longs roman fra 1898, Madame Butterfly, som i 1904 ble forvandlet til en opera av Giacomo Puccini, og forblir en av verdens mest elskede operaer.
