De amerikanske sentrene for sykdomskontroll og forebygging, CDC, lanserte et konsortium for å starte et nasjonalt nettverk av sekvenseringslaboratorier som vil fremskynde utgivelsen av SARS-CoV-2-sekvensdata til det offentlige. Rask frigjøring av åpne coronavirus-sekvensdata vil hjelpe deg Covid-19 folkehelse respons, drive innovasjon og oppdagelse, og fremme forståelse av denne og fremtidige pandemier.

Dette SARS-CoV-2 sekvensering for folkehelse beredskap, epidemiologi og overvåking (SPHERES) konsortium, som vil utvide bruken av helgen-sekvensering (WGS) av COVID-19-viruset. SPHERES vil gi konsekvente, sanntids sekvensdata til folkehelseberedskapsteamene som undersøker saker og klynger av COVID-19 over hele landet.

Dette nye konsortiet vil hjelpe dem å bedre forstå hvordan viruset sprer seg, både nasjonalt og i deres lokalsamfunn. Bedre data vil igjen hjelpe folkehelsetjenestemenn med å avbryte overføringskjeder, forhindre nye tilfeller av sykdom og beskytte og redde liv.

“USA er verdens ledende innen avansert sekvensering av raske genomer. Denne koordinerte innsatsen på tvers av våre offentlige, private, kliniske og akademiske folkehelselaboratorier vil spille en viktig rolle i forståelsen av overføring, evolusjon og behandling av SARS-CoV-2. Jeg er sikker på at våre beste, dyktigste hjerner jobber sammen for å hjelpe oss med å redde liv i dag og i morgen, ”sa CDC-direktør Robert Redfield, MD

Spore COVID-19-viruset mens det utvikler seg

Genomiske sekvensdata kan gi enestående innsikt i biologien til SARS-CoV-2, viruset som forårsaker COVID-19, og bidra til å definere det skiftende landskapet til pandemien. Ved å sekvensere virus fra hele USA, kan CDC og andre folkehelsemyndigheter overvåke viktige endringer i viruset og bruke denne informasjonen til å veilede kontaktsporing, bekjempelse av folkehelsearbeid og strategier for infeksjonskontroll.

SPHERES-konsortiet er en ambisiøs innsats for å koordinere SARS-CoV-2 genom-sekvensering nasjonalt, og organisere dusinvis av mindre, individuelle tiltak i et enkelt distribuert nettverk av laboratorier, institusjoner og selskaper. Konsortiet kombinerer ekspertisen, teknologien og ressursene til 40 statlige og lokale avdelinger for folkehelse, flere store kliniske laboratorier og over to dusin samarbeidende institusjoner over den føderale regjeringen, akademia og privat sektor.

SPHERES vil etablere beste praksis og konsensusdatastandarder, akselerere åpen datadeling og etablere en pool av ressurser og ekspertise for å bidra til å bringe banebrytende teknologi til det nasjonale COVID-19-svaret.

SPHERES data åpen, delt

Konsortiemedlemmer deler en forpliktelse til rask åpen sekvensdeling. De planlegger å sende alle nyttige sekvensdata til offentlige arkiver ved National Library of Medicine's National Center for Biotechnology Information (NLM / NCBI), Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) og andre offentlige sekvensregister. Dette vil bidra til at data om virussekvenser fra hele USA raskt er tilgjengelige for beslutninger om folkehelse og fritt tilgjengelig for forskere overalt.

Konsortiemedlemmer inkluderer:

Føderale byråer og laboratorier

Senter for sykdomskontroll og forebygging, Kontor for avanserte molekylære påvisninger

Argonne National Laboratory

Forsvarets helsebyrå, Global smittsom sykdom Overvåkning

Food and Drug Administration

Lawrence Berkeley National Laboratory

Los Alamos National Laboratory

National Institute of Allergy and Infectious Diseases, Office of Genomics og Advanced Technology

Nasjonalt institutt for standarder og teknologi

National Library of Medicine's National Center for Biotechnology Information

Walter Reed Army Institute of Research

Statlige / lokale folkehelselaboratorier

Arizona

California

Delaware

District of Columbia

Florida

Hawaii

Maine

Maryland

Massachusetts

Michigan

Minnesota

North Carolina

North Dakota

Nevada

New Mexico

New York

Utah

Virginia

Washington

Wisconsin

Wyoming

Akademiske institusjoner

Baylor University

Cornell University

Fred Hutchinson kreftforskningssenter

Mount Sinai School of Medicine

New York University

Northern Arizona University

University of Buffalo

University of California, Berkeley

University of California, Davis

University of California, Irvine

University of California, Los Angeles

University of California, San Francisco

University of California, Santa Cruz

University of Chicago

University of Maryland

University of Minnesota

University of Nebraska

University of New Mexico

University of Washington

Yale University

Corporations

Abbott Diagnostics

bioMerieux

Fargegenomikk

Gingko Bioworks

IDbyDNA

In-Q-Tel

LabCorp

En kodeks

Oxford Nanopore Technologies

Pacific Biosciences

Qiagen

Quest Diagnostics

Sannelig livsvitenskap

Navn på selskaper er kun gitt for informasjonsformål, og deres inkludering her utgjør ikke en godkjenning av selskapene eller noen av deres kommersielle produkter eller tjenester fra US Centers for Disease Control and Prevention.

Non-profit folkehelse- eller forskningsinstitutter

Foreningen av folkehelselaboratorier

Bill og Melinda Gates Foundation

Bredt institutt

Chan Zuckerberg BioHub

Craig Venter Institute

Folkehelsealliansen for genomisk epidemiologi

Scripps Research

The Jackson Laboratory

Translational Genomics Research Institute - Nord

Walder Foundation

I løpet av de siste seks årene har CDCs Office of Advanced Molecular Detection-program investert i føderale og statlige folkehelselaboratorier for å utvide bruken av patogengenomikk og andre avanserte laboratorieteknologier for overvåking av smittsom sykdom og utbruddsrespons. Den nåværende konsortieinvesteringen tar sikte på å redde liv i SARS-CoV-2-pandemien og forberede USA og verden for fremtidig pandemirespons.

For å lære mer om genomisk sekvensering eller CDCs arbeid innen avansert molekylær deteksjon, besøk https://www.cdc.gov/amd/